Σημειώνομε μερικά μόνον από τα θαύματά της:
• Ένας γεωργός από την Κίμωλο, είχε όγκο στο λαιμό. Κατέφυγε με θέρμη και πίστη στην Οσία, η οποία αφού προσευχήθηκε, σημείωσε επάνω στον πόνο το σημείο του Τιμίου Σταυρού, και έδωκε συγχρόνως στον ασθενή να πιει το λάδι του ακοίμητου καντηλιού τού ασκητηρίου της. Ο ασθενής θεραπεύθηκε τελείως και δόξασε τον Θεό.
• Η σύζυγος τού Βασιλείου Λογοθέτου, πού ήταν στείρα, κατέφυγε στην Οσία Μεθοδία. Την παρακάλεσε θερμά να προσευχηθεί για να αποκτήσει τέκνον. Η Οσία προσευχήθηκε στον Κύριο. Και κατόπιν της προσευχής της Αγίας, η πρώην άγονος και στείρα γέννησε δοξάζουσα και αυτή τον Θεό για το θαύμα!
• Η Αικατερίνη Λογοθέτου ασθένησε βαριά. Η Οσία Μεθοδία την επισκέφθηκε και με τις προσευχές της και το λάδι από το καντήλι τού ασκητηρίου της παραδόξως έγινε καλά.
• Μία επίσης γυναίκα από την Κίμωλο είχε όγκο στο στήθος. Όταν έμαθε την χάριν, πού είχε η Οσία από τον Κύριο, προσέτρεξε σ’ αυτήν με πίστη. Με τις προσευχές της αγίας και το αγιασμένο λάδι θεραπεύθηκε.
• Ο ιερεύς Γεώργιος Ν. Λογοθέτης ασθένησε και κινδύνευε. Η Οσία μήτηρ τού έστειλε «σταύρωμα» από το αγιασμένο λάδι τού ακοίμητου καντηλιού της. Άλειψαν με αυτό τον ασθενή ο οποίος αμέσως θεραπεύθηκε.
